最初はwinscpというソフトがオススメです
ja.osdn.net
linuxのフォルダ構成をいきなり理解するのは難しいです
またファイル転送も簡単にできるので
linux環境にファイルアップする場合は重宝すると思います
(scpコマンドとかあるけど・・・覚えるのが大変)
注意点としてはwinscpでlinux上のファイルを開く場合は
文字コードがエディターに影響してしまうこと
心配の方は、みるだけでにした方がいいと思います
ついでにputtyもいれるとsshのターミナルが簡単に起動できるので
オススメです
PuTTY: a free SSH and Telnet client
「putty」の注意点は「Tera Term」と鍵の方式が違う事です
なので
必ずputty genもいっっしょに覚えたほうがいいです
ja.osdn.net
鍵でのログインは必須のところが多いからです